Аналiз невпорядкованих дiлянок бiлка АIМР1/р43 мультисинтетазного комплексу людини методами бiоiнформатики
DOI:
https://doi.org/10.15407/dopovidi2016.06.103Ключові слова:
АIМР1/p43, бiоiнформатика, вторинна структура, невпорядкованi дiлянкиАнотація
Особливостi вторинної структури та розташування невпорядкованих дiлянок у структурi бiлка АIМР1 — компонента мультисинтетазного комплексу людини — дослiджено за допомогою ряду in silico пiдходiв. Виявлено, що найдовша дiлянка бiлка, яка тяжiє до формування невпорядкованої структури, розташовується з 103 по 148 амiнокислотний залишок. Цiкаво, що в межах цiєї дiлянки (приблизно з 121 по 140 залишок) також можлива наявнiсть α-спiралi. Це удаване протирiччя досить просто пояснюється тим, що вiдповiдна дiлянка насичена як залишками лiзину (маркер невпорядкованих дiлянок бiлка), так i залишками глютамату (типовий маркер саме α-спiральних елементiв). З великою часткою ймовiрностi можна припустити, що ця спiраль є метастабiльною, тобто такою, що переходить до невпорядкованого стану i назад внаслiдок природних флуктуацiй молекули бiлка.
Завантаження
Посилання
Oldfield C. J., Dunker A. K. Annu. Rev Biochem., 2014, 83: 553–584. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-072711-164947
Odynets K. A., Kornelyuk A. I. Biopolym. Cell., 2005, 21: 446–453. https://doi.org/10.7124/bc.000709
Kim J. H., Han J. M., Kim S. Top. Curr. Chem., 2014, 344: 119–144. https://doi.org/10.1007/128_2013_479
Renault L., Kerjan P., Pasqualato S. et al. EMBO J., 2001, 20: 570–578. https://doi.org/10.1093/emboj/20.3.570
Berman H. M., Westbrook J., Feng Z. et al. Nucleic Acids Res., 2000, 28: 235–242. https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235
Fu Y., Kim Y., Jin K. S. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2014, 111: 15 084–15 089.
The UniProt Consortium. Nucleic Acids Res., 2014, 42: D191–D198. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1140
Buchan D. W. A., Minneci F., Nugent T. C. O. et al. Nucleic Acids Res., 2013, 41: W340–W348. https://doi.org/10.1093/nar/gkt381
Yachdav G., Kloppmann E., Kajan L. et al. Nucleic Acids Res., 2014, 42, Web Server issue: W337–W343.
Ishida T., Kinoshita K. Nucleic Acids Res., 2007, 35 (Web Server issue): W460–W464.
Linding R., Russell R. B., Neduva V., Gibson T. J. Nucleic Acid Res., 2003, 31: 3701–3708. https://doi.org/10.1093/nar/gkg519
Prilusky J., Felder C. E., Zeev-Ben-Mordehai T. et al. Bioinformatics, 2005, 21: 3435–3438. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti537
Linding R., Jensen L. J., Diella F. et al. Structure, 2003, 11: 1453–1459. https://doi.org/10.1016/j.str.2003.10.002
Ward J. J., Sodhi J. S., McGuffin L. J. et al. J. Mol. Biol., 2004, 337: 635–645. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2004.02.002
Sickmeier M., Hamilton J. A., LeGall T. et al. Bioinformatics, 2005, 21: 137–140. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth476
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2024 Доповіді Національної академії наук України
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
