Геноміка і структура віріонних ДНК помірних ервініофагів 49 і 59
DOI:
https://doi.org/10.15407/dopovidi2017.06.082Ключові слова:
headful-механізм упаковки, біоінформатичний аналіз, бактеріофаги 49 і 59, рестрикційний аналіз, циклічна та дискретна пермутаціяАнотація
Здійснено порівняльне дослідження віріонної ДНК ервініофагів 49 і 59 за допомогою біоінформатичного аналізу та стандартної рестрикції. Встановлено, що геноми обох фагів циклічно пермутовані, однак пермутація ДНК фага 59 є неперервною, тоді як у фага 49 вона має дискретний характер. Віріонна ДНК фага 49 має аномальний SmaI-сайт, який не піддається повному гідролізу, що, найімовірніше по'язано з впливом найближчого нуклеотидного оточення.
Завантаження
Посилання
Ackermann, H. W. & Kropinski, A. M. (2007). Curated list of prokaryote viruses with fully sequenced genomes. Res Microbiol., 158, No. 7, pp. 555-566. https://doi.org/10.1016/j.resmic.2007.07.006
Sherwood, R., Sasjens, S. R. & Gilcrease, E. B. (2009). Determining DNA packaging strategy by analysis of the termini of the chromosomes in tailed-bacteriophage virions. Meth. Mol. Biol., 502, pp. 91-111. https://doi.org/10.1007/978-1-60327-565-1_7
Tovkach, F. I., Grigoryan, Yu. A., Ruban, V. I. & Kishko, Ya. G. (1985). Comparative description of temperate phages Erwinia carotovora 268. Microbiol Zh., 47, No. 1, pp. 59-64 (in Russian).
Tovkach, F. I., Shevchenko, T. V., Gorb, T. E., Mukvich, N. S. & Romanyuk, L. V. (2002). Comparative study of properties of temperate erwiniophages 49 and 59. Microbiol Zh., 64, No. 2, pp. 65-81(in Russian).
Tovkach, F. I., Grigoryan, Yu. A., Ruban, V. I., Danileichenko, V. V. & Kishko, Ya. G. (1988). Restriction map of permutants DNA of temperate bacteriophage 59 Erwinia carotovora. Mol. Gen. Mikrobiol. Virusol., 1, pp. 20–24 (in Russian).
Kishko, Ya. G., Grigoryan, Yu. A., Tovkach, F. I., Ruban, V. I. & Mashkovsky, N. N. (1984). Study of homology of temperate viruses of polylysogenic culture Erwinia carotovora. Dokl. AN SSSR, 277, No. 5, pp. 1250-1251 (in Russian).
McClelland, M., Nelson, M. & Raschke, E. (1994). Effect of site-specific modification on restriction endonucleases and DNA modification methyltransferases. Nucleic Acids Res., 22, No. 17, pp. 3640-3659. https://doi.org/10.1093/nar/22.17.3640
Ptashne, M. A (2004). Genetic Switch: Phage Lambda. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Armstrong, K. & Bauer, W. R. (1982). Preferential site-dependent cleavage by restriction endonuclease PstI. Nucleic Acids Res., 10, No. 3, pp. 993-1007. https://doi.org/10.1093/nar/10.3.993
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2024 Доповіді Національної академії наук України
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
