Поліморфізм довжини інтронів генів γ-тубуліну як новий підхід до генотипування рослин

Автор(и)

  • Я.В. Пірко ДУ “Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України”, Київ
  • Д.Д. Буй ДУ “Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України”, Київ
  • А.С. Постовойтова ДУ “Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України”, Київ
  • А.М. Рабоконь ДУ “Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України”, Київ
  • Л.О. Калафат ДУ “Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України”, Київ
  • Я.Б. Блюм ДУ “Інститут харчової біотехнології та геноміки НАН України”, Київ

DOI:

https://doi.org/10.15407/dopovidi2018.12.087

Ключові слова:

γ-тубулін, інтрон, ген, довжина інтронів, молекулярно-генетичні маркери, поліморфізм

Анотація

Запропоновано нову маркерну систему для оцінки генетичного різноманіття рослин, яка ґрунтується на оцінці поліморфізму довжини інтронів генів γ-тубуліну. Розроблено пару вироджених праймерів до генів
γ-тубуліну на основі особливості їх екзон-інтронної структури. Показано простоту та універсальність використання маркерної системи в молекулярно-генетичному аналізі рослин на прикладі видів і сортів Arabidopsis thaliana, Linum usitatissimum, Solаnum tuberоsum, Oryza sativa, Triticum aestivum.

Завантаження

Дані завантаження ще не доступні.

Посилання

Wang, X., Zhao, X., Zhu, J., & Wu, W. (2005). Genome-wide investigation of intron length polymorphisms and their potential as molecular markers in rice (Oryza sativa L.). DNA Research, 12, 417–427. https://doi.org/10.1093/dnares/dsi019

Rabokon, A. N., Demkovych, A. Ye., Pirko, Ya. V., & Blume, Ya. B. (2015). Intron length polymorphism of β-tubulin gene as an effective tool for genotyping of plants. Molecular and Applied Genetics (Minsk), 19, 35–44.

Morello, L., & Breviario, D. (2008). Plant spliceosomal introns: Not only cut and paste. Current Genomics, 9, 227–238. https://doi.org/10.2174/138920208784533629

Braglia, L., Manca, A., Mastromauro, F., & Breviario, D. (2010). cTBP: A successful intron length polymorphism (ILP)-based genotyping method targeted to well-defined experimental needs. Diversity, 2, 572–585. https://doi.org/10.3390/d2040572

Thomas, B. C., Rapaka, L., Lyons, E., Pedersen, B., & Freeling, M. (2007). Arabidopsis intragenomic conserved noncoding sequence. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104, 3348–3353. https://doi.org/10.1073/pnas.0611574104

Li, X., Tan, L., Wang, L., Hu, S., & Sun, C. (2009). Isolation and characterization of conserved non-coding sequences among rice (Oryza sativa L.) paralogous regions. Molecular Genetics and Genomics, 281, 11–18. https://doi.org/10.1007/s00438-008-0388-4

Ferreira, A. O., Cardoso, H. G., Macedo, E. S., Breviario, D., & Arnholdt-Schmitt, B. (2009). Intron polymorphism pattern in AOX1b of wild St John’s wort (Hypericum perforatum) allows discrimination between individual plants. Physiologia Plantarum, 137, 520–531. https://doi.org/10.1111/j.1399-3054.2009.01291.x

Perumal, B. S., Sakharkar, K. R., Chow, V. T. K., Kangueane, P., & Sakharkar, M. K. (2005). Intron position conservation across eukaryotic lineages in tubulin genes. Frontiers in Bioscience, 10, 2412–2419.

Bardini, M., Lee, D., Donini, P., Mariani, A., Giani, S., Toschi, M., Lowe, C., & Breviario, D. (2004). Tubulin-based polymorphism (TBP): A new tool, based on functionally relevant sequences, to assess genetic diversity in plant species. Genome, 47(2), 281–291. https://doi.org/10.1139/g03-132

Pydiura, N., Pirko, Ya., Galinousky, D., Postovoitova, A., Yemets, A., Kilchevsky, A., & Blume, Ya. (2018). Genome-wide identification, phylogenetic classification, and exon-intron structure characterisation of the tubulin and actin genes in flax (Linum usitatissimum). Cell Biology International. https://doi.org/10.1002/cbin.11001

Ovechkina, Y., & Oakley, B. R. (2001). Gamma tubulin in plant cells. Methods in Cell Biology, 67, 195–212. https://doi.org/10.1016/S0091-679X(01)67014-6

Okonechnikov, K., Golosova, O., & Fursov, M. (2012). Unipro UGENE: A unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics, 28, 1166–1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091

Sambrook, J. F., & Russell, D. W. (2001). Molecular cloning: A laboratory manual. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Benbouza, H., Jacquemin, J.-M., Baudoin, J.-P., & Mergeai, G. (2006). Optimization of a reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels. Biotechnology, Agronomy, Society and Environment, 10(2), 77–81.

Rabokon, A. N., Pirko, Ya. V., Demkovych, A. Ye., & Blume, Ya. B. (2018). Comparative analysis of the efficiency of intron-length polymorphism of β-tubulin genes and microsatellite loci for flax varieties genotyping. Cytology and Genetics, 52(1), 3–15.

##submission.downloads##

Опубліковано

28.12.2018

Як цитувати

Пірко, Я., Буй, Д., Постовойтова, А., Рабоконь, А., Калафат, Л., & Блюм, Я. (2018). Поліморфізм довжини інтронів генів γ-тубуліну як новий підхід до генотипування рослин . Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, (12), 87–92. https://doi.org/10.15407/dopovidi2018.12.087

Номер

№ 12 (2018): Доповіді Національної академії наук України

Розділ

Біологія

Ліцензія

Авторське право (c) 2024 Доповіді Національної академії наук України

Creative Commons License

Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.