Важливість параметра “стать” для широкомасштабного аналізу генної експресії
DOI:
https://doi.org/10.15407/dopovidi2021.01.100Ключові слова:
інтегративний аналіз, плацента людини, стать, транскриптомАнотація
Мета дослідження — визначення статі плоду за даними генної експресії зчеплених з Y-хромосомою генів і з’ясування особливостей експресії генів статевих хромосом упродовж вагітності дівчинкою і хлопчиком. Визначено 27 диференційно експресованих генів статевих хромосом, за якими відрізняються зразки з ХY і ХХ генотипами. Показано, що в більшості випадків експресія генів з Х-хромосом за перебігу вагітності дівчинкою вища, ніж у разі вагітності хлопчиком, але існують винятки з цієї закономірності, які потрібно враховувати під час широкомасштабних досліджень генної експресії. Характер різниці між експресією генів зберігається впродовж усього періоду вагітності як дівчинкою, так і хлопчиком (у кого більш або менш інтенсивна), а величина різниці може залишатися незмінною або спадати від першого до третього триместру. Урахування статевого диморфізму під час аналізу широкомасштабних даних генної експресії між триместрами вагітності забезпечує збільшення кількості диференційно експресованих генів, що поліпшує інформативність дослідження і важливе для з’ясування патогенезу ускладнень вагітності, пов’язаних з дисфункцією плаценти.
Завантаження
Посилання
Di Renzo, G. C., Rosati, A., Sarti, R. D., Cruciani, L. & Cutuli, A. M. (2007). Does fetal sex affect pregnancy outcome? Gend. Med., 4, No. 1, pp. 19-30. https://doi.org/10.1016/s1550-8579(07)80004-0
Peacock, J. L., Marston, L., Marlow, N., Calvert, S. A. & Greenough, A. (2012). Neonatal and infant outcome in boys and girls born very prematurely. Pediatr. Res., 71, No. 3, pp. 305-310. https://doi.org/10.1038/pr.2011.50
Byrne, J. & Warburton, D. (1987). Male excess among anatomically normal fetuses in spontaneous abortions. Am. J. Med. Genet., 26, No. 3, pp. 605-611. https://doi.org/10.1002/ajmg.1320260315
Lykhenko, O. K., Frolova, A. O. & Obolenskaya, M. Yu. (2017). Creation of gene expression database on preeclampsia-affected human placenta. Biopolym. Cell, 33, No. 6, pp. 442-452. https://doi.org/10.7124/bc.000967
Buckberry, S., Bent, S. J., Bianco-Miotto, T. & Roberts, C. T. (2014). massiR: a method for predicting the sex of samples in gene expression microarray datasets. Bioinformatics, 30, No. 14, pp. 2084-2085. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu161
Carrel, L. & Willard, H. F. (2005). X-inactivation profile reveals extensive variability in X-linked gene expression in females. Nature, 434, No. 7031, pp. 400-404. https://doi.org/10.1038/nature03479
Moreira de Mello, J. C., Fernandes, G. R., Vibranovski, M. D. & Pereira, L. V. (2017). Early X chromosome inactivation during human preimplantation development revealed by single-cell RNA-sequencing. Sci. Rep., 7, 10794. https://doi.org/10.1038/s41598-017-11044-z
Gonzalez, T. L., Sun, T., Koeppel, A. F., Lee, B., Wang, E. T., Farber, C. R., Rich, S. S., Sundheimer, L. W., Buttle, R. A., Chen, Y.-D. I., Rotter, J. I., Turner, S. D., Williams, J., Goodarzi, M. O. & Pisarska, M. D. (2018). Sex differences in the late first trimester human placenta transcriptome. Biol. Sex Differ., 9, No. 1, 4. https://doi.org/ 10.1186/s13293-018-0165-y
Garieri, M., Stamoulis, G., Blanc, X., Falconnet, E., Ribaux, P., Borel, C., Santoni, F. & Antonarakis, S. E. (2018). Extensive cellular heterogeneity of X inactivation revealed by single-cell allele-specific expression in human fibroblasts. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 115, No. 51, pp. 13015-13020. https://doi.org/ 10.1073/pnas.1806811115
Andrés, O., Kellermann, T., López-Giráldez, F., Rozas, J., Domingo-Roura, X. & Bosch, M. (2008). RPS4Y gene family evolution in primates. BMC Evol. Biol., 8, 142. https://doi.org/ 10.1186/1471-2148-8-142
Ni, W., Perez, A. A., Schreiner, S., Nicolet, C. M. & Farnham, P. J. (2020). Characterization of the ZFX family of transcription factors that bind downstream of the start site of CpG island promoters. Nucleic Acids Res., 48, No. 11, pp. 5986-6000. https://doi.org/ 10.1093/nar/gkaa384
Cortez, D., Marin, R., Toledo-Flores, D., Froidevaux, L., Liechti, A., Waters, P. D., Grützner, F. & Kaessmann, H. (2014). Origins and functional evolution of Y chromosomes across mammals. Nature, 508, No. 7497, pp. 488–493.
Pallares, P., Perez-Solana, M. L., Torres-Rovira, L. & Gonzalez-Bulnes, A. (2011). Phenotypic characterization by high-resolution three-dimensional magnetic resonance imaging evidences differential effects of embryo genotype on intrauterine growth retardation in NOS3-deficient mice. Biol. Reprod., 84, No. 5, pp. 866-871. https://doi.org/10.1095/biolreprod.110.088534
Younes, S. T., Maeda, K. J., Sasser, J. & Ryan, M. J. (2020). The glucagon-like peptide 1 receptor agonist liraglutide attenuates placental ischemia-induced hypertension. Am. J. Physiol. Heart Circ. Physiol., 318, No. 1, pp. H72-H77. https://doi.org/10.1152/ajpheart.00486.2019
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Розділ
Ліцензія
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
