Дизайн iнгiбiторiв активного центру тирозил-тРНК синтетази Mycobacterium tuberculosis на основi iнгiбiтора SB-219383
DOI:
https://doi.org/10.15407/dopovidi2014.10.167Ключові слова:
Mycobacterium tuberculosisАнотація
Тирозил-тРНК синтетаза Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS) є одним з ключових ферментiв синтезу бiлка на дорибосомному етапi, тому його iнгiбування повинно iстотно стримувати рiст патогенних бактерiй в органiзмi хазяїна. MtTyrRS та TyrRS людини не здатнi до перехресного розпiзнавання та амiноацилування вiдповiдних тРНКTyr, тому специфiчнi iнгiбiтори MtTyrRS повиннi бути не токсичними для людини. Взаємодiя iнгiбiтора з каталiтичною KMSKS-подiбною петлею MtTyrRS повинна значно пiдвищити його афiннiсть до ферменту. З урахуванням цього проведено дизайн нових iнгiбiторiв MtTyrRS на основi структури вiдомого iнгiбiтора SB-219383. Модифiкацiя здiйснювалася таким чином, щоб забезпечити взаємодiю iнгiбiторiв iз каталiтичною петлею ферменту. Показано, що змодельованi нами iнгiбiтори взаємодiють з каталiтичною петлею протягом усього часу динамiки MtTyrRS (100 нс).
Завантаження
Посилання
Wang S. F., Yin Y., Qiao F. et al. Bioorg. Med. Chem., 2014, 22, No 8: 2409–2415. https://doi.org/10.1016/j.bmc.2014.03.004
Odynets K. O., Kornelyuk O. I. Ukr. biokhim. zhurn., 2008, No 5: 36–49 (in Ukrainian).
Datt M., Sharma A. J. Struct. Funct. Genom., 2014, 15, No 2: 45–61. https://doi.org/10.1007/s10969-014-9178-x
Bonnefond L., Gieg´e R., Rudinger-Thirion J. Biochimie, 2005, 87, No 9–10: 873–883. https://doi.org/10.1016/j.biochi.2005.03.008
Mikuliak V. V., Korneliuk O. I. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr., 2012, No 5: 158–162 (in Ukrainian).
Bonnefond L., Frugier M., Touz´e E. et al. Structure, 2007, 15, No 11: 1505–1516. https://doi.org/10.1016/j.str.2007.09.018
Xiao Z. P., Ma T. W., Liao M. L. et al. Eur. J. Med. Chem., 2011, 46, No 10: 4904–4914. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2011.07.047
Stefanska A. L., Coates N. J., Mensah L. M. et al. J. Antibiot. (Tokyo), 2000, 53, No 4: 345–350. https://doi.org/10.7164/antibiotics.53.345
Houge-Frydrych C. S., Readshaw S. A., Bell D. J. J. Antibiot. (Tokyo), 2000, 53, No 4: 351–356. https://doi.org/10.7164/antibiotics.53.351
Jarvest R. L., Berge J. M., Brown P. et al. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2001, 11, No 5: 715–718. https://doi.org/10.1016/S0960-894X(01)00040-3
Xiao Z. P., Ouyang H., Wang X. D. et al. Bioorg. Med. Chem., 2011, 19, No 13: 3884–3891. https://doi.org/10.1016/j.bmc.2011.05.042
Austin J., First E. J. Biol. Chem., 2002, 277, No 32: 28394–28399. https://doi.org/10.1074/jbc.M204404200
Wang J., Wolf R. M., Caldwell J. W. et al. J. Comput. Chem., 2004, 25, No 9: 1157–1174.https://doi.org/10.1002/jcc.20035
Hess B., Kutzner C., Van Der Spoel D., Lindahl E. J. Chem. Theory Comput., 2008, 4, No 3: 435–447. https://doi.org/10.1021/ct700301q
Hornak V., Abel R., Okur O. et al. Proteins, 2006, 65, No 3: 712–725. https://doi.org/10.1002/prot.21123
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2025 Доповіді Національної академії наук України
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
