Структура i динамiка тирозил-тРНК синтетази Mycobacterium tuberculosis у комплексi з iнгiбiтором SB-219383
DOI:
https://doi.org/10.15407/dopovidi2014.06.156Ключові слова:
Mycobacterium tuberculosisАнотація
Iнгiбiтор SB-219383 та його аналоги є класом потенцiйних iнгiбiторiв бактерiальних тирозил-тРНК синтетаз. Для дослiдження динамiчних фармакофорних ознак проведено моделювання молекулярної динамiки тирозил-тРНК синтетази еубактерiї Mycobacterium tuberculosis у комплексi з iнгiбiтором SB-219383. Показано, що iнгiбiтор зв’язується в активному центрi ферменту, взаємодiючи з дiлянкою зв’язування тирозину та фосфатної групи. SB-219383 не взаємодiє з каталiтичною петлею KMSKS.
Завантаження
Посилання
Bedouelle H. Biochimie, 1990, 72, No. 8: 589–598. https://doi.org/10.1016/0300-9084(90)90122-W
Odynets K. O., Kornelyuk O. I. Ukr. biokhim. zhurn., 2008, No. 5: 36–49 (in Ukrainian).
Chekman I. S., Nebesna T. Yu., Kazakova O. O., Simonov P. V. Zhurn. AMN Ukr., 2010, 16, No. 3: 424–437 (in Ukrainian).
Stefanska A. L., Coates N. J., Mensah L. M. et al. J. Antibiot. (Tokyo), 2000, 53, No. 4: 345–350. https://doi.org/10.7164/antibiotics.53.345
Houge-Frydrych C. S., Readshaw S. A., Bell D. J. J. Antibiot. (Tokyo), 2000, 53, No. 4: 351–356. https://doi.org/10.7164/antibiotics.53.351
Mykuliak V. V., Kornelyuk O. I. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr., 2012, No. 5: 158–162 (in Ukrainian).
Qiu X., Janson C. A., Smith W.W. et al. Protein Sci., 2001, 10, No. 10: 2008–2016. https://doi.org/10.1110/ps.18001
Hess B., Kutzner C., Van Der Spoel D., Lindahl E. J. Chem. Theory Comput., 2008, 4, No. 3: 435–447. https://doi.org/10.1021/ct700301q
Hornak V., Abel R., Okur O. et al. Proteins., 2006, 65, No. 3: 712–725. https://doi.org/10.1002/prot.21123
Bjelkmar P., Larsson P., Cuendet M. et al. J. Chem. Theory Comput., 2010, 6, No. 2: 459–466. https://doi.org/10.1021/ct900549r
Salnikov A. O., Sliusar I. A., Sudakov O. O. et al. Int. J. Computing., 2010, 9, No. 4: 294–300.
The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.3, Schrödinger, LLC.
Laskowski R. A., Swindells M. B. J. Chem. Inf. Model., 2011, 51: 2778–2786. https://doi.org/10.1021/ci200227u
Mykuliak V. V., Kornelyuk O. I. Fizyka zhyvogo, 2011, 19, No. 2: 4–8 (in Ukrainian).
Austin J., First E. J. Biol. Chem., 2002, 277, No. 32: 28394–28399. https://doi.org/10.1074/jbc.M204404200
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2025 Доповіді Національної академії наук України
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
