Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну

I.V. Semenyuta; V.Yu. Tanchuk; E.O. Lobko; L.O. Metelytsia

doi:10.15407/dopovidi2017.01.103

Authors

I.V. Semenyuta Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the NAS of Ukraine, Kiev
V.Yu. Tanchuk Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the NAS of Ukraine, Kiev
E.O. Lobko Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the NAS of Ukraine, Kiev
L.O. Metelytsia Institute of Bioorganic Chemistry and Petrochemistry of the NAS of Ukraine, Kiev

DOI:

https://doi.org/10.15407/dopovidi2017.01.103

Keywords:

1, 3-oxazole derivatives, colchicine, molecular docking, tubulin

Abstract

Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку перевірено редокінгом колхіцину в КЗС і отримано стабільний ліганд-білковий комплекс (Е_зв = –8,1 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å). Методом молекулярного докінгу обгрунтовано високу цитотоксичну активність сполук 1, 3 та 4, які утворюють стійкі ліганд-білкові комплекси (Е_зв = –7,7, –5,5, –6,2, –5,8 ккал/моль). Показано, що ці сполуки зв’язуються з амінокислотними залишками КЗС, подібно до колхіцину, за допомогою водневих зв’язків та π—σ зв’язків. Отримані результати дають підставу рекомендувати сполуки 1, 3 і 4 для подальшого вивчення як перспективних антимітотичних агентів.

Downloads

Download data is not yet available.

References

Jordan M.A., Wilson L. Nat. Rev. Cancer., 2004, 4: 253—265. https://doi.org/10.1038/nrc1317

Bhattacharyya B., Panda D., Gupta S., Banerjee M. Med. Res. Rev., 2008, 1: 155-183. https://doi.org/10.1002/med.20097

Kumar N. J. Biol. Chem., 1981, 20: 10435-10441.

Lu Y., Chen J., Xiao M., Li W., Miller D. Pharm. Res., 2012, 11: 2943—2971. https://doi.org/10.1007/s11095-012-0828-z

Semenyuta I.V., Kovalishin V.V., Kopernik I.N., Vasilenko A.N., Prokopenko V.V., Brovarets V.S. Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2013, 11: 168-173 (in Russian).

Semenyuta I.V., Kovalishyn V.V., Pilyo S.G., Blagodatnyy V.N., Trokhimenko E.P., Brovarets V.S., Metelitsa L.A. Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2014, 12: 152—157 (in Russian). https://doi.org/10.15407/dopovidi2014.12.152

http://autodock.scripps.edu/downloads

http://mgltools.scripps.edu/downloads

http://files.rcsb.org/download/1SA0.pdb

https://www.pymol.org/pymol

http://www.chemaxon.com/products/marvin/marvinsketch

Trott O., Olson A.J. J. Comput. Chem., 2010, 31: 455-461.

http://accelrys.com/products/discovery-studio/