Молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в активному центрі тубуліну

І.В. Семенюта; В.Ю. Танчук; Є.О. Лобко; Л.О. Метелиця

doi:10.15407/dopovidi2017.01.103

Автор(и)

І.В. Семенюта Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ
В.Ю. Танчук Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ
Є.О. Лобко Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ
Л.О. Метелиця Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ

DOI:

https://doi.org/10.15407/dopovidi2017.01.103

Ключові слова:

3-оксазолу, колхіцин, молекулярний докінг, похідні 1, тубулін

Анотація

Досліджено in silico вплив похідних 1,3-оксазолу на колхіцинзв'язуючий сайт (КЗС) β-тубуліну, проведено молекулярний докінг похідних 1,3-оксазолу в КЗС β-тубуліну та наведено результати аналізу ліганд-рецепторних комплексів. Створено адекватну модель КЗС Б-субодиниці β-тубуліну, яку перевірено редокінгом колхіцину в КЗС і отримано стабільний ліганд-білковий комплекс (Е_зв = –8,1 ккал/моль, RMSD = 1,2042 Å). Методом молекулярного докінгу обгрунтовано високу цитотоксичну активність сполук 1, 3 та 4, які утворюють стійкі ліганд-білкові комплекси (Е_зв = –7,7, –5,5, –6,2, –5,8 ккал/моль). Показано, що ці сполуки зв’язуються з амінокислотними залишками КЗС, подібно до колхіцину, за допомогою водневих зв’язків та π—σ зв’язків. Отримані результати дають підставу рекомендувати сполуки 1, 3 і 4 для подальшого вивчення як перспективних антимітотичних агентів.

Завантаження

Посилання

Jordan M.A., Wilson L. Nat. Rev. Cancer., 2004, 4: 253—265. https://doi.org/10.1038/nrc1317

Bhattacharyya B., Panda D., Gupta S., Banerjee M. Med. Res. Rev., 2008, 1: 155-183. https://doi.org/10.1002/med.20097

Kumar N. J. Biol. Chem., 1981, 20: 10435-10441.

Lu Y., Chen J., Xiao M., Li W., Miller D. Pharm. Res., 2012, 11: 2943—2971. https://doi.org/10.1007/s11095-012-0828-z

Semenyuta I.V., Kovalishin V.V., Kopernik I.N., Vasilenko A.N., Prokopenko V.V., Brovarets V.S. Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2013, 11: 168-173 (in Russian).

Semenyuta I.V., Kovalishyn V.V., Pilyo S.G., Blagodatnyy V.N., Trokhimenko E.P., Brovarets V.S., Metelitsa L.A. Reports of the National Academy of Sciences of Ukraine, 2014, 12: 152—157 (in Russian). https://doi.org/10.15407/dopovidi2014.12.152

http://autodock.scripps.edu/downloads

http://mgltools.scripps.edu/downloads

http://files.rcsb.org/download/1SA0.pdb

https://www.pymol.org/pymol

http://www.chemaxon.com/products/marvin/marvinsketch

Trott O., Olson A.J. J. Comput. Chem., 2010, 31: 455-461.

http://accelrys.com/products/discovery-studio/