Комп’ютер – ваш Вергілій у світі атомів
DOI:
https://doi.org/10.15407/visn2014.02.022Ключові слова:
Нобелівська премія, молекулярна динаміка біомолекул, комп’ютерні моделі, квантова хімія, молекулярна механіка, QSARАнотація
Упродовж останніх десятиліть склалася така тенденція, що на тернистому шляху до Нобелівської премії хімію зазвичай супроводжує біологія. Однак минулого року до них приєдналася ще й комп’ютерна технологія. Нобелівську премію 2013 р. в галузі хімії було присуджено Мартіну Карплусу (Martin Karplus), Майклу Левітту (Michael Levitt) і Арі Варшелю (Arieh Warshel) за «розроблення мультимасштабних моделей складних хімічних систем».
Посилання
Kedrov B.M. Modeling in chemistry. (Moscow: Nauka, 1975). [in Russian].
Sichivitsa O.M. Methods and forms of scientific knowledge. (Moscow: Vysshaya shkola, 1993). [in Russian].
Stoff V.A. Modeling and Philosophy. (Moscow: Nauka, 1966). [in Russian].
Westheimer F.H., Mayer J.E. The theory of the racemization of optically active derivatives of diphenyl. J. Chem. Phys. 1946. 14: 733. http://doi.org/10.1063/1.1724095
Hill T.L. On Steric Effects. J. Chem. Phys. 1946. 14: 465. http://doi.org/10.1063/1.1724172
Allinger N.L., Miller M.A., Chow L.W., Ford R.A., Graham J.C. The calculated electronic spectra and structures of some cyclic conjugated hydrocarbons. J. Amer. Chem. Soc. 1965. 87: 3430. http://doi.org/10.1021/ja01093a025
Nemethy G., Scheraga H. Theoretical determination of sterically allowed conformations of a polypeptide chain by a computer method. Biopolymers. 1965. 4: 155. http://doi.org/10.1002/bip.360030205
Frenkel D., Smit B. Understanding Molecular Simulations. (San Diego: Academic Press, 1996).
Warshel A., Karplus M. Calculation of ground and excited state potential surfaces of conjugated molecules. I. Formulation and parametrization. J. Amer. Chem. Soc. 1972. 94: 5612. http://doi.org/10.1021/ja00771a014
Warshel A., Levitt M. Theoretical studies of enzymic reactions: dielectric, electrostatic and steric stabilization of the carbonium ion in the reaction of lysozyme. J. Mol. Biol. 1976. 103: 227. http://doi.org/10.1016/0022-2836(76)90311-9
Brooks B.R., Bruccoleri R.E., Olafson B.D., States D.J., Swaminathan S. Karplus M. CHARMM: A program for macromolecular energy, minimization, and dynamics calculations. J. Comp. Chem. 1983. 4(2): 187. http://doi.org/10.1002/jcc.540040211
Karplus M. Vicinal proton coupling in nuclear magnetic resonance. J. Am. Chem. Soc. 1963. 85: 2870. http://doi.org/10.1021/ja00901a059
Hansch C., Maloney P., Fujita T., Muir R. Correlation of Biological Activity of Phenoxyacetic Acids with Hammett Substituent Constants and Partition Coefficients. Nature. 1962. 194: 178–80. http://doi.org/10.1038/194178b0
Cherkasov A., Muratov E., Fourches D., Varnek A., Baskin I.I., Cronin M., Dearden J., Gramatica P., Martin Y.C., Todeschini R., Consonni V., Kuz'min V.E., Cramer R., Benigni R., Yang C., Rathman J., Terfloth L., Gasteiger J., Richard A., Tropsha A. QSAR Modeling: Where have you been? Where are you going to? J. Med. Chem. 2014. 57(12): 4977. http://doi.org/10.1021/jm4004285
Bogatskii A.V., Vikhlyaev Yu.I., Andronati S.A., Klygul T.A., Zhilina Z.I. 1,4-Benzodiazepines and their cyclic homologs and analogs. Chemistry of Heterocyclic Compounds. 1973. 9(11): 1413. http://doi.org/10.1007/BF00470355
Kuz’min V.E., Artemenko A.G., Muratov E.N., Polischuk P.G., Ognichenko L.N., Liahovsky A.V., Hromov A.I., Varlamova E.V. Virtual screening and molecular design based on hierar-chical QSAR technology. In: Recent Advances in QSAR Studies. (London: Springer, 2010). P. 127–176. http://doi.org/10.1007/978-1-4020-9783-6_5
