Механізми формування мішенних делецій при синтезі молекули ДНК, що містить cis-syn циклобутанові тимінові димери
DOI:
https://doi.org/10.15407/dopovidi2015.04.123Ключові слова:
ДНК, мішенні делеції, молекула, синтез, тимінові димериАнотація
У рамках розроблюваної автором полімеразно-таутомерної моделі ультрафіолетового мутагенезу запропоновано модель механізму утворення мішенних делецій, що викликані cis-syn циклобутановими тиміновими димерами. Делеції – це мутації зсуву рамки читання, коли з нитки ДНК випадає один або декілька нуклеотидів. Ультрафіолетове опромінювання може приводити до зміни таутомерних станів основ ДНК. Для молекули тиміну можливе формування п’яти рідких таутомерних форм, які будуть стабільними, якщо відповідні основи входять до складу циклобутанових димерів. Структурний аналіз вбудовування основ показав, що навпроти рідкого таутомерного стану тиміну Т*2 неможливо вбудувати жодну з канонічних основ так, щоб між ними та матричними основами сформувались водневі зв’язки. Тому передбачається, що при синтезі молекули ДНК, що містить cis-syn циклобутанові тимінові димери ТТ*2, спеціалізовані або модифіковані ДНК-полімерази навпроти цих cis-syn циклобутанових тимінових димерів будуть залишати проломи в один нуклеотид. Ділянка дочірньої нитки ДНК навпроти cis-syn циклобутанових димерів ТТ*2 може випасти. Якщо у протилежній нитці ДНК сформується петля, то при забудовуванні цього пролому дочірня нитка стане коротшою. В результаті випаде декілька основ ДНК, тобто сформується мішенна мутація зсуву рамки читання – мішенна делеція.
Завантаження
Посилання
Wang C.-I., Taylor J.-S. Biochemistry, 1992, 31: 3671–3681. https://doi.org/10.1021/bi00129a016
Kobayashi S., Valentine M. R., Pham P., O’Donnell M., Goodman M. F. J. Biol. Chem., 2002, 277: 34198–34207. https://doi.org/10.1074/jbc.M204826200
Kim S. R., Matsui K., Yamada M., Gruz P., Nohmi T. Mol. Genet. Genomics., 2001, 266: 207–215. https://doi.org/10.1007/s004380100541
Strand M., Prolla T. A., Liskay R. M., Petes T. D. Nature, 1993, 365: 274–276. https://doi.org/10.1038/365274a0
Bzymek M., Saveson C. J., Feschenko V. V., Lovett S. T. J. Bacteriol., 1999, 181: 477–482.
Baase W. A., Jose D., Ponedel B. C., von Hippel P. H., Johnson N. P. Nucleic Acids Res., 2009, 37: 1682–1689. https://doi.org/10.1093/nar/gkn1042
Streisinger G., Okada J., Emerich J., Newrich J., Tsugita A., Terraghi E., Inouye M. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1966, 31: 77–84. https://doi.org/10.1101/SQB.1966.031.01.014
Tang M., Shen X., Frank E. G., O’Donnell M., Woodgate R., Goodman M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA,1999, 96: 8919–8924. https://doi.org/10.1073/pnas.96.16.8919
Grebneva H. A. J. Mol. Struct., 2003, 645: 133–143. https://doi.org/10.1016/S0022-2860(02)00578-1
Grebneva H. A. Environ. Mol. Mutagen., 2006, 47: 733–745. https://doi.org/10.1002/em.20256
Grebneva H. A. Molecular. biology., 2014, 48, No 4: 457–467 (in Russian). https://doi.org/10.1134/S0026893314030066
Furukohri A., Goodman M. F., Maki H. A. J. Biol. Chem., 2008, 283: 11260–11269. https://doi.org/10.1074/jbc.M709689200
Raghunathan G., Kieber-Emmons T., Rein R., Alderfer J. L. J. Biomol. Struct. Dynam., 1990, 7: 899–913. https://doi.org/10.1080/07391102.1990.10508531
Grebneva H. A. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr., 2014, 11: 156–164 (in Russian).
Grebneva H. A. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr., 2013, 1: 143–150 (in Russian).
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2025 Доповіді Національної академії наук України
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
