Ефективність використання потенціалу грід для високопропускного віртуального скринінгу біологічно активних речовин
DOI:
https://doi.org/10.15407/visn2016.08.068Ключові слова:
грід, УНГ, CSLabGrid, економічний ефект, високопропускний віртуальний скринінг, біологічно активні речовиниАнотація
У статті наведено короткий історичний огляд розвитку грід-обчислень, розглянуто їх актуальний стан в Україні. Окрему увагу приділено біологічному і медико-біологічному сегменту в національній грід-інфраструктурі України. Надано стислу інформацію про діяльність та спеціалізацію офіційно зареєстрованих віртуальних організацій медико-біологічного напряму. На прикладі віртуальної організації CSLabGrid проаналізовано переваги від впровадження грід-обчислень у наукові дослідження та їх економічний потенціал, наведено результати розрахунків для проектів, спрямованих на поєднання грід-обчислень і завдань високопропускного віртуального скринінгу (high-throughput screening) біологічно активних речовин – нових агентів з протибактеріальною та антимітотичною активністю.
Посилання
Cusack C., Martens C., Mutreja P. Volunteer Computing Using Casual Games. In: Future of Game Design and Technology: Proc. Int. Conf. FuturePlay'2006. (October 9—11, 2006, London, Ontario, Canada). P. 1—8.
Foster I., Kesselman C., Tuecke S. The Open Grid Services Architecture (Chapter 17). In: The Grid 2. (Elsevier Inc., 2004). P. 215—257.
Foster I., Kesselman C. The Grid: blueprint for a new computing infrastructure. (Elsevier, 1998).
Joseph J., Fellenstein C. Grid computing. (IBM Press, 2004).
Talbi E.-G., Zomaya A.Y. Grid Computing for Bioinformatics and Computational Biology. (John Wiley & Sons, 2008).
Zagorodny A.G., Svistunov S.Ya., Belous L.F., Golovinskiy A.L. UA-Grid: Ukrainian National Grid Program. In: Parallel and Distributed Computing Systems: Proc. Int. Conf. PDCS'2013 (13—14 March, 2013, Kharkiv, Ukraine). [in Russian].
Ukrainian National Grid Policy. http://infrastructure.kiev.ua/en/about/statute/.
Zagorodny A.G., Svistunov S.Ya., Belous L.F., Golovinskiy A.L. UA-Grid: Ukrainian National Grid Program and its achievements. In: Scientific service on the internet: all facets of parallelism: Proc. Int. Conf. (23—28 September 2013, Novorossiysk, Russia). P. 453—457. [in Russian].
Martynov Е., Zinovjev G., Svistunov S. Academic segment of Ukrainian Grid infrastructure. System research and information technologies. 2009. (3): 31. [in Ukrainian].
Svistunov S.Ya., Shevchenko A.Yu. Status and prospects of development of the Ukrainian national grid. Analysis and logic of possible development. System Research and Information Technologies. 2014. (2): 40. [in Russian].
Karpov P.A., Brytsun V.M., Rayevsky A.V., Demchuk O.M., Pydiura N.O., Ozheredov S.P., Samofalova D.A., Spivak S.I., Yemets A.I., Kalchenko V.I., Blume Ya.B. High-Throughput Screening of New Antimitotic Compounds Based on CSLabGrid Virtual Organization. Sci. Innov. 2015. 11(1): 85. [in Ukrainian]. http://doi.org/10.15407/scine11.01.085
Pydiura N., Karpov P., Blume Ya. Hardware environment for CSLabGrid: Reaching maximum efficacy of computations in structural biology and bioinformatics. In: Cluster Computing: Proc. ІІ Int. Conf. CC-2013 (June 3—5, 2013, Lviv).
