Поліморфізм довжини інтронів генів β-тубуліну у мікроводоростей

Автор(и)

  • Я.В. Пірко Інститут харчової біотехнології та геноміки
  • А.М. Рабоконь Інститут харчової біотехнології та геноміки
  • А.С. Постовойтова Інститут харчової біотехнології та геноміки
  • Ю.О. Білоножко Інститут харчової біотехнології та геноміки
  • Л.О. Калафат Інститут харчової біотехнології та геноміки
  • О.В. Борисова Інститут ботаніки ім. М.Г. Холодного НАН України, Київ
  • П.М. Царенко Інститут ботаніки ім. М.Г. Холодного НАН України, Київ
  • Я.Б. Блюм Інститут харчової біотехнології та геноміки

DOI:

https://doi.org/10.15407/dopovidi2019.01.093

Ключові слова:

інтрони, гени β-тубуліну, мікроводорості, молекулярно-генетичні маркери

Анотація

За допомогою аналізу поліморфізму довжини інтронів генів β-тубуліну здійснено генетичне профілювання восьми видів (десяти штамів) мікроводоростей з колекції IBASU-A Інституту ботаніки ім. М.Г. Холод- ного НАН України. Вперше встановлено закономірності відмінностей ДНК-профілів таксономічних одиниць мікроводоростей родового рівня, а саме: Acutodesmus, Desmodesmus, Dunaliella, Tribonema та Euglena. Показано можливість використання методу оцінки поліморфізму довжини інтронів генів β-тубуліну для міжвидової та внутрішньовидової диференціації мікроводоростей.

Завантаження

Посилання

Temraleeva, A.D., Mincheva, E.V., Sherbakov, D.Yu. & Pinsky, D.L. (2013). DNA-barcoding of green algae: a review. Аlgologia, 23, Nо. 4, pp. 396-418 (in Ukrainian). doi: https://doi.org/10.15407/alg23.04.396

Tsarenko, P., Borysova, O. & Blyume, Ya. (2011). Microalgas as bioenergetics object IBASU-A collection species — perspective producers of biomass as the source of raw stuff for biofuel. Visn. Nac. Acad. Nauk Ukr., Nо. 5, pp. 49-54 (in Ukrainian).

Chikkaswamy, B.K. & Paramanik, R.Ch. (2016). Molecular distinction of algae using molecular marker. Int. J. Curr. Microbiol. App. Sci., 5, No. 9, pp. 489-495 doi: https://doi.org/10.20546/ijcmas.2016.509.054

Matveeva, T.V., Pavlova, O.A., Bogomaz, D.I., Lutova, L.A. & Demkovich, A.E. (2011). Molecular markers for plant species identification and phylogenetics. Ecol. Genetics, 9, No. 1, pp. 32-43 (in Russian). doi: https://doi.org/10.17816/ecogen9132-43

Wongsawad, Ph. & Peerapornpisal, Yu. (2014). Molecular identification and phylogenetic relationship of green algae, Spirogyra ellipsospora (Chlorophyta) using ISSR and rbcL markers. Saudi J. Biol. Sci., 21, pp. 505-510. doi: https://doi.org/10.1016/j.sjbs.2014.01.003

Xia, X., Luan, L. L., Qin, G., Yu, L.F., Wang, Zh.W., Dong, W.Ch., Song, Y., Qiao, Y., Zhang, X.S., Sang, Y.L. & Yang, L. (2017). Genome-wide analysis of SSR and ILP markers in trees: diversity profiling, alternate distribution, and applications in duplication. Sci. Rep., 7, No. 1, 17902. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-017-17203-6

Bardini, M., Lee, D., Donini, P., Mariani, A., Giani, S., Toschi, M., Lowe, C. & Breviario, D. (2004). Tubulinbased polymorphism (TBP): a new tool, based on functionally relevant sequences, to assess genetic diversity in plant species. Genome, 47, pp. 281-291. doi: https://doi.org/10.1139/g03-132

Rabokon, A.N., Pirko, Ya.V., Demkovych, A.Ye. & Blume, Ya.B. (2018). Comparative analysis of the efficiency of intron-length polymorphism of β-tubulin genes and microsatellite loci for flax varieties genotyping. Cytol. Genetics, 52, No. 1, pp. 1-10. doi: https://doi.org/10.3103/S0095452718010115

Sambrook, J. & Russell, D.W. (Eds.). (2001). Molecular сloning: a laboratory manual. (Vol. 2). Cold Spring Harbor: Cold Spring Laboratory Press.

Breviario, D., Baird, W.V., Sangoi, S., Hilu, K., Blumetti, P. & Gianì, S. (2007). High polymorphism and resolution in targeted fingerprinting with combined beta-tubulin introns. Mol. Breed., 20, pp. 249-259. doi: https://doi.org/10.1007/s11032-007-9087-9

Benbouza, H., Jean-Marie, J. & Jean-Pierre, B. (2006). Optimization of a reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels. Biotechnol. Agron. Soc. Environ., 10, No. 2. pp. 77-81.

Lazar, I. (2010). GelAnalyzer.com. Retrieved from http://www.gelanalyzer.com/

Braglia, L., Manca, A., Mastromauro, F. & Breviario, D. (2010). cTBP: A successful intron length polymorphism (ILP)-based genotyping method targeted to well defined experimental needs. Diversity, 2, No. 4, pp. 572-585. doi: https://doi.org/10.3390/d2040572

##submission.downloads##

Опубліковано

28.03.2024

Як цитувати

Пірко, Я. ., Рабоконь, . А. ., Постовойтова, . А. ., Білоножко, . Ю. ., Калафат, . Л. ., Борисова, О. ., Царенко, П. ., & Блюм, Я. . (2024). Поліморфізм довжини інтронів генів β-тубуліну у мікроводоростей . Доповіді Національної академії наук України, (1), 93–99. https://doi.org/10.15407/dopovidi2019.01.093

Номер

№ 1 (2019): Доповіді Національної академії наук України

Розділ

Біологія

Ліцензія

Авторське право (c) 2023 Доповіді Національної академії наук України

Creative Commons License

Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

Статті цього автора (авторів), які найбільше читають

1 2 > >>